NSCinfo nr 79 1993-10-08
boein@nsc.liu.se


NSCinfo nr 79 (1993-10-08)

1. Uppgradering av superdatorn.

Vi har den stora glädjen att meddela att en kraftig uppgradering av Cray-datorn kommer att ske redan under hösten. Vi kommer att byta ut vår X-MP/416 mot en Y-MP/464, vilket innebär

Vi tackar Forskningsrådsnämnden och Wallenbergsstiftelsen, vilka bekostat denna viktiga uppgradering.

Det väsentligt större primärminnet är mycket välkommet eftersom vi har haft många jobb som kräver mer än 4 M ord. Något beslut om klassindelning på det uppgraderade systemet har ännu ej tagits. Vi avser att låta största tillåtna jobb vara på 24 M ord.

Den nya arkitekturen innebär bland annat att Fortran 90 (cf90) kan installeras (så fort som vi får det).

Utbytet kommer att ta ett par dagar i anspråk, men användaren kommer inte att behöva göra några ändringar i sina jobb för att köra på den nya datorn.

Den nya maskinen kommer att heta sn1037 i stället för sn206. Detta namn inkluderar serienumret, vilket användes för licenskontroll av viss programvara.

Vi kommer att ta ner den gamla Cray X-MP på morgonen torsdagen den 11 november och släppa in användare på den nya Cray Y-MP från kvällen måndagen den 15 november. Köerna kommer att stoppas efterhand under vecka 45, inga jobb kommer att kunna överleva maskinbytet. Kör "försiktigt" under vecka 46, maskinen måste troligen tas ner med kort varsel för justeringar.

2. Uppgradering av operativsystemet.

Vi påminner om den tidigare annonserade uppgraderingen av operativsystemet UNICOS från version 7.0.4.4 till 7.0.5 samt installationen av version 6.0 av Fortransystemet cf77.

Datum för denna uppgradering är ännu ej bestämd. Den kommer dock att ske efter maskinbytet.

3. Frontenden NSCFE.

Bytet till modernare och större skivminne har genomförts utan problem.

4. Interaktiv användning.

Vi har lyckats ordna en väsentligt förbättring i den interaktiva användningen av Cray. Efter interaktiv inloggning på Cray har man numera en garanterad tid av 30 minuter innan SDC-kod begärs på nytt. En första förfrågan om ny SCD-kod kommer mellan 30 och 90 minuter från inloggningstidpunkten, och upprepas var 60 minut. Dessutom sker automatisk utloggning efter 10 minuters inaktivitet!

5. Status-informationen (kompletterad repris).

När Cray startas om, exempelvis efter ett service-pass, så kommer numera gamla men ej avslutade jobb tillbaks dubbelt, dels under sitt gamla nummer och med beteckningen orphan, dels med numret noll. Det är det senare som är det verkliga jobbet, och när detta har avslutats försvinner även orphanen.

Från CLS-UX syns bara orphanerna, men om Du tittar på frontenden syns båda. Det finns absolut ingen anledning att sända in sitt jobb på nytt bara för att det blivit "föräldralöst". Resultatet kommer automatiskt tillbaks till användaren precis som vanligt.

Vi vill samtidigt vädja till användarna att ge sina olika jobb olika namn, och påminna om att dessa namn får ha högst SJU tecken (bokstäver och siffror). Detta underlättar att hitta rätt jobb vid systemarbeten, till exemplel flyttning eller borttagning av jobb. Vi tycker inte om när en användare samtidigt sänder in åtta jobb med samma namn, vi kan då ledas till att tro att något hakat upp sig.

6. Programvaror.

Licensen för akademisk användning av IMSL går ut den 1 maj 1994. NSC har inte för avsikt att förnya den. Kontakta Bo Einarsson om Du behöver IMSL även i fortsättningen! Vi avser däremot att behålla NAG-biblioteket för akademisk användning. Dessa båda paket innehåller i stort sett samma faciliteter.

Även DISSPLA försvinner den 1 maj 1994 (även från arbetsstationerna på NSC).

Vi avser för övrigt inte att genomföra några större ändringar i tillgången till kommersiella programvaror. Ytterligare produkter från Cray kommer dock att installeras.

7. Återstart av långa jobb.

Långa jobb bör innehålla någon form av återstartningsmekanism för att minska risken för att resultaten från ett CPU-krävande jobb går förlorade. Vissa program har en funktion som gör att för återstart nödvändig information automatiskt sparas undan med vissa mellanrum. I Gaussian 92 kan många jobb, t ex geometrioptimeringar, återstartas om checkpoint-filen sparats. Närmare uppgifter om vilka typer av G92-jobb som kan återstartas finns i kap 4.3 i "Gaussian 92 User's Guide".

Jobb som råkar ut för oplanerade avbrott startar om från början igen om användaren inte angett något annat.

I vissa fall, t ex för Gaussian 92, kan det vara fördelaktigt att förhindra den automatiska återstartningen eftersom den kan förstöra de eventuella delresultat som sparats. Detta sker med raden

#QSUB -nr
i header-delen av jobbfilen.

En metod att få en automatisk återstartning som inte skriver över redan beräknade värden är att avsluta programmet efter den första iterationen, och sedan använda återstartsmekanismen för resterande iterationer. Detta förutsätter naturligtvis att checkpointfilen inte förstörts vid avbrottet.

Från och med Unicos 8.0 kommer en funktion för regelbunden uppdatering av återstartningsfiler att finnas inbyggd i systemet. Redan nu kan den användare som så önskar utföra denna uppdatering manuellt. Kontakta Bo Sjögren, tel 013-282625, för mer information.

8. Ny telefonsvarare.

Vi har beslutat att utnyttja ett ledigt telefonnummer för att installera en telefonsvarare. Tanken med denna är att Du skall kunna ringa 013-282624 när som helst på dygnet och lämna Dina synpunkter eller frågor. Varje arbetsdag kommer vi sedan att kolla telefonsvararen.

En snabbare kontakt är den gamla vanliga via email till nsc@nsc.liu.se, vilken sändes automatiskt till Mats S Andersson, Bo Einarsson och Bo Sjögren.

9. Uppgradering av SUNET.

Vi har nöjet att informera om ytterligare en välkommen nyhet, nämligen att SUNET vid årsskiftet uppgraderas från 2 MBit/s till 34 MBit/s.

10. Konferens om programmet Gaussian 92 i Holland

Introduction to Gaussian: Theory and practice

Date:      7-10 December 1993

Location: Stichting Academisch Rekencentrum Amsterdam (SARA) Kruislaan 415 1098 SJ Amsterdam The Netherlands

The workshop "Introduction to Gaussian: Theory and Practice." will be arranged 7-10 December 1993 at SARA in the Netherlands. This is the first Gaussian Workshop to be help in Europe, following the same style and format of the previous workshops held in the United States and Japan.

This workshop provides an introduction to the underlying theory along with practical pointers. All of the ab initio methods available in Gaussian 92 will be covered, along with discussion on choosing methods appropriate to the chemistry being studied. Additional topics will include estimating computer resource requirements and dealing with computational difficulties. The UniChem user interface will also be discussed.

Instructors:			
	
Dr. Michael J. Frisch               Lorentzian, Inc.
Prof. H. Bernard Schlegel           Wayne State University
Prof. Michael A. Robb               King's College, London
Dr. Douglas J. Fox                  Gaussian, Inc.

The complete invitation can be obtained from Bo Einarsson (boein@nsc.liu.se). Further information is available from Annemieke Dekker (dekkera@uk.cray.com) or directly from Gaussian Inc in the US (info@gaussian.com).

The registration fee is 700 Dutch guilders, which includes lunches, lecture notes, and access to a Cray Y-MP.